Durante más de treinta años, los Hombres de Negro (MID)han controlado la actividad de los alienígenas en la Tierra. El cuartel general de los Hombres de Negro se encarga de proporcionar refugio o servir de estación de tránsito a los viajeros intergalácticos. En una investigación rutinaria, dos agentes del MID descubren que un terrorista alienígena ha aterrizado ilegalmente. Su propósito es mantener viva la guerra entre los Arquilianos y los Baltianos. Si no lo detienen, la tierra puede ser destruida.